Tổ chức này bị Chính phủ Việt Nam hiện hành coi là một tổ chức phản động chống phá Nhà nước Việt Nam, gây chia rẽ đoàn kết dân tộc, được cho là "biến tướng của FULRO" nhằm thành lập nhà nước Đề Ga ly khai và là nguyên nhân những cuộc rối loạn vào tháng 2 năm 2001 và tháng 4 năm 2004 tại Tây Nguyên[4][5][6][7][8][9][10]. Ngược lại, Quỹ người Thượng thường tổ chức những cuộc biểu tình tại nước ngoài để thông tin về sự việc mà họ gọi là "ngược đãi và đàn áp" người dân tộc thiểu số của chính quyền Việt Nam và đưa ra những cáo buộc về việc tín ngưỡng Tin Lành của người thiểu số tại Tây Nguyên bị xâm phạm và nhiều mục sư bị bắt hoặc cấm đoán hành lễ [11][8][12]